"2만 년 후의 지구"에 돌아와 필사적인 전투로 고질라를 쓰러트리는 것에 성공하는 인류. 그러나 기쁨도 잠시, 지구 깊은 곳에서 고질라 어스가 나타나고, 인류는 뿔뿔이 흩어져 버린다. 인류 생존의 희망과도 같은 "후츠아"와 만난 인류는 21세기에 그들이 후지산에서 「대 고질라 결전병기」의 개발을 하고 기동 직전에 파괴된 "메카고질라"의 개발 계획이 지금까지 남아있다는 것을 안다.

오키나와의 아즈미 공주는 도시가 거대 괴수에 의해 멸망하는 끔찍한 환상을 목격한다. 한편, 동굴 탐험가인 시미즈 마사히코에 의해 알 수 없는 금속이 발견되고, 금속은 미야지마 교수에게 인계되어 조사된다. 한편 마사히코의 동생인 시미즈 케이스케가 이끄는 발굴단은 '검은 구름이 산 위에 나타나 세상을 멸망시킨다.'는 불길한 예언이 그려진 방과 벽화가 우연히 발견하고, 케이스케는 고고학자인 사이고 카네시로와 함께 예언서를 번역한 결과, 예언서의 내용과 동굴에서 발견된 조각상은 오키나와에 존재했던 전설의 괴물, 킹 시사와 관련되어 있던 것이 확인된다. 그때 갑자기 괴한이 카네시로의 집에 침입하여 킹 시사의 조각상을 탈취하려 하지만 시미즈 마사히코와 격투를 벌인 끝에 조각상 탈취를 실패하고 결국 도주한다. 머지않아 검은 구름이 산처럼 형성되고, 고지라가 후지산에 등장하면서 날뛰기 시작한다[스포일러]. 갑자기 안기라스가 등장하면서 고지라의 팔을 할퀴자, 고지라의 상처에서 금속이 살짝 드러난다. 그러자 고지라는 안기라스의 턱을 찢어서 안기라스를 제압하고, 싸움에서 진 안기라스는 결국 도망친다.

갑자기 모스라가 일본으로 들어온다. 알고보니 모스라는 고지라와 기룡 때문에 온 것인데, 기룡에게 사용된 고지라의 뼈가 고지라를 끌어들인다고 한다. 하지만 고지라는 이미 처들어오고 고지라랑 모스라랑 싸운다. 하지만 일본은 고지라에게 맞는 모스라를 동료로 생각하고 기룡을 보내 같이 싸운다. 결국 기룡이 고지라를 잡고 바다에 풍덩.