친구의 비극적인 자살 후, 미스터리한 일들이 연이어 일어난다. 가슴 아픈 사건들의 중심에 서는 클레이 젠슨. 고등학생이 감당하기에는 너무 힘겨운 시간을 보낸다.

서기 2000년, 남극에 거대한 운석이 추락하며 미증유의 재난 세컨드 임팩트가 일어난다. 해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족분쟁, 내란 등으로 세계 인구는 반으로 격감된다. 2015년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른 위기가 닥쳐온다. 하나씩 모습을 드러내는 정체 불명의 거대 전투병기 군단 사도. 사도의 출현에 대항하기 위하여 인류는 E계획에 의해 탄생한 생체 전투병기 에반게리온을 개발하고 3대의 기체로 사도를 막아내려 하는데...

A year, from Christmas to Christmas, in the lives of the Gardners.