Kaneda is de leider van een Motorbende in Neo-Tokio. Tetsuo is één van de bendeleden en is altijd de benjamin geweest, die onder bescherming van Kaneda staat. Als Tetsuo wordt gearresteerd, wordt hij als proefkonijn gebruikt voor een militair experiment, waardoor hij ongelooflijke krachten krijgt.

Het rustige leven op aarde wordt hevig verstoord wanneer vliegende schotels van Mars aankomen. Aanvankelijk lijken de Marsmanntjes vredelievend te zijn, maar bij een door de president van de Verenigde Staten georganiseerde bijeenkomst blijkt dat ze erop uit zijn om alles en iedereen over hoop te schieten. De president probeert met man en macht de overmacht te vernietigen...