1988年7月，由於東京近效發生了神秘的大爆炸，因而引發了第三次世界大戰。31年後，日本的新首都「新東京」，正準備迎接將在翌年主辦的奧運會。2019年，在繁華與頹廢共明滅的新東京，飛車黨的一員鐵雄在車禍後被軍方帶到研究室中。鐵雄成為阿基拉計劃的實體之後，其超能力正在醒覺中，也應驗了出阿基拉將復活的預言。所謂阿基拉，即是第28號實驗體「明」，也就是曾引起第三次世界大戰的導火線，擁有絕大的力量。現在以冷凍艙保存著，埋藏在奧運會場地的地下深處。

A fleet of Martian spacecraft surrounds the world's major cities and all of humanity waits to see if the extraterrestrial visitors have, as they claim, "come in peace." U.S. President James Dale receives assurance from science professor Donald Kessler that the Martians' mission is a friendly one. But when a peaceful exchange ends in the total annihilation of the U.S. Congress, military men call for a full-scale nuclear retaliation.