I "Jake og piraterne på Ønskeøen" kan man følge en besætning af børnepirater - Jake og hans venner Lizzy og Bulder - når de tager ud på eventyr rundt omkring på Ønskeøen. Målet er at snøre de to ø-kendte figurer Kaptajn Klo og Smisk, som vi kender fra "Peter Pan". Hvert afsnit er fyldt med spændende eventyr, musik og sjov.

Peter er vokset op på Londons gader i slutningen af 1800-tallet. Sammen med andre lommetyve får han af bandelederen Jimmy Hook ordre til at stjæle en magisk kugle, som kan transportere dem til en anden verden, som kaldes Neverland. Dér møder de en bunke venner og fjender, bl.a. den magtsyge Elizabeth Bonny og hendes pirater, som søger efter hemmeligheden som kan sikre evig ungdom. Peter stilles snart over for et problem: kan man nogensinde forlade Neverland?