Après 57 ans de dérive dans l’espace, Ellen Ripley est secourue par la corporation Weyland‐Yutani. Malgré son rapport concernant l’incident survenu sur le Nostromo, elle n’est pas prise au sérieux par les militaires quant à la présence de xénomorphes sur la planète LV‐426 où se posa son équipage… planète où plusieurs familles de colons ont été envoyés en mission de « terraformage ». Après la disparition de ces derniers, Ripley décide d’accompagner une escouade de marines dans leur mission de sauvetage… et d’affronter à nouveau la Bête.

Lorsqu'une station d'exploitation spatiale découvre une énorme empreinte d'alien sur une planète distante, la colonie pense avoir trouvé la preuve de l'existence de Dieu. Mais bientôt, plusieurs membres de la colonie sont victimes de symptômes de la depression extrême - le seul remède, c'est de rapprocher de la Marque.Une ferveur religieuse s'empare alors de la population et aboutit à un suicide collectif. La sécurité de la planète décide alors de supprimer la Marque, et demande au vaisseau USG Ishimura de l'emmener pour l'étudier.