Sonic, Green Hills’e yerleştikten sonra gerçek bir kahraman olmak için gereken özelliklere sahip olduğunu kanıtlamak için sabırsızlanır. Dr. Robotnik, bu kez yeni ortağı Knuckles ile birlikte medeniyetleri yok etme gücüne sahip olan bir zümrüdün arayışıyla geri döndüğünde sınavı başlar. Sonic, yardımcısı Tails’le ekip olur ve birlikte zümrüdü yanlış ellere düşmeden bulmak üzere dünya çapında bir yolculuğa çıkarlar.

Özel güçleri olan Kirpi Sonic, çocuk yaşta kendi dünyasında tehlike altında olduğu için, ona kol kanat geren baykuş Longclaw’ın verdiği sihirli yüzüklerle boyut atlayarak dünyamıza gelir. Bizim dünyamızda kendince bir yuva ve huzur bulduğu halde oldukça yalnızdır. Yaşadığı Green Hills kasabasında şeriflik yapan Tom Wachowski ile tanışan Sonic, kaybettiği sihirli yüzükleri bulmak için Tom ile beraber San Francisco’ya doğru yola çıkar. Ancak bu yolculuk sırasında, peşinde hükemet tarafınan görevlendirilen onu yakalamak ve özel güçlerini kullanmak için arayan kötü bilim adamı Dr. Robotnik ve tehlikeli robotları vardır.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.