Efter att ha bosatt sig i Green Hills är Sonic ivrig att bevisa att han har det som krävs för att bli en sann hjälte. Hans chans kommer när doktor Robotnik återvänder, denna gång med en ny partner, Knuckles, på jakt efter en smaragd som har kraften att förgöra civilisationer. Sonic slår sig ihop med sin egen sidekick, Tails, och tillsammans ger de sig ut på en världsomspännande resa för att hitta smaragden innan den hamnar i orätta händer.

Sonic försöker hantera det märkliga livet på jorden tillsammans med sin nyfunna, mänskliga bästa vän Tom Wachowski. Sonic och Tom samarbetar för att försöka stoppa den skurkaktige doktor Ivo Robotnik från att fånga Sonic och använda hans enorma krafter för att ta över världen.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.