Sonic é um ouriço azul de origem alienígena que acidentalmente aterrou no planeta Terra durante uma fuga às forças malignas do seu planeta natal. Foi assim que conheceu o xerife Tom Wachowski, de quem se tornou inseparável e a quem se aliou na luta contra o terrível Dr. Ivo Robotnik. Agora, quando tudo parecia tranquilo, Robotnik regressa à Terra com Knuckles, seu aliado na maldade, em busca de uma poderosa esmeralda que lhe dará grandes poderes. Percebendo o perigo que enfrentam, Sonic e Tom vão ter de encontrar a pedra preciosa antes que seja demasiado tarde.

Um polícia na cidade rural de Green Hills vai ajudar o Sonic a escapar das autoridades, que andam a tentar deitar-lhe a mão.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.