Sonic vil gjerne være en helt, og slår seg sammen med den nye vennen Tails for å hindre at dr. Robotnik og Knuckles får tak i en allmektig smaragd.
En småbysheriff hjelper et utenomjordisk pinnsvin med å beseire en gal lege, som ønsker å bruke skapningens supersoniske krefter til å erobre verden.
Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.
Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.