Wanneer de gemene Dr. Robotnik en zijn hulpje Knuckles een onverwacht bezoek brengen aan de aarde op zoek naar een almachtige smaragd, bundelt Sonic zijn krachten met een nieuwe bondgenoot genaamd Tails en begint hij aan een reis om de smaragd te vinden voordat hij in de verkeerde richting valt. handen.

Sonic is een super snelle antropomorfe blauwe egel. De overheid is erop gebrand om Sonic te pakken te krijgen. Sheriff Tom Wachowski, een sheriff uit het klein stadje Green Hills, besluit om af te reizen naar San Francisco om Sonic te helpen in zijn strijd tegen de kwaadaardige Dr. Ivo Robotnik.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.