Sonic har slått seg ned i Green Hills og ivrer etter å bevise at han har det som trengs for å være en ekte helt. Muligheten byr seg når Dr. Robotnik dukker opp igjen med sin nye partner, Knuckles, i jakten på en smaragd med krefter som kan ødelegge sivilisasjoner. Sonic får sin egen medspiller i Tails, og sammen legger de ut på en verdensomspennende reise for å finne edelsteinen før den havner i feil hender.
En småbysheriff hjelper et utenomjordisk pinnsvin med å beseire en gal lege, som ønsker å bruke skapningens supersoniske krefter til å erobre verden.
Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.
Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.