平穏な生活が戻ったグリーンヒルズで街を守り続けているソニックに、銀河系で最も危険な戦士ナックルズが現れる。史上最強の破壊力を持つ武器“マスターエメラルド”のありかを巡って、スピードのソニックと力のナックルズとの闘いが始まる。

宇宙の果てにある平和な島で暮らし、砂浜やループコースターを驚異的なスピードで駆け抜けるソニックは、そのスーパーパワーを狙われたため地球に逃げてきていた。10年後、安全に生活していたソニックは、世界征服を企てる悪の天才科学者のドクター・ロボトニック に目をつけられ、保安官のトム に救いを求める。

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.