Dopo essersi stabilito a Green Hills, Sonic è pronto ad avere maggiore libertà. Tom e Maddie accettano allora di lasciarlo a casa mentre loro vanno in vacanza. Ma, non appena partiti, con il dottor Robotnik in compagnia di un nuovo partner alla ricerca di uno smeraldo in grado di costruire e annientare le civiltà, Sonic farà squadra con Tails per intraprendere una nuova missione.

Sonic trascina Tom Wachowski, uno sceriffo del Montana, in un viaggio attraverso il paese per recuperare i suoi favolosi anelli d'oro prima che il dottor Ivo Robotnik possa reclamarli per sé stesso.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.