Miután letelepedett Green Hillsben, Sonic minden vágya, hogy bebizonyítsa: megvan benne az, ami ahhoz kell, hogy igazi hős legyen. Nem kell sokat várnia, hogy próbára tegye magát, ugyanis Dr. Robotnyik visszatér, ezúttal új társával, Knucklesszel, és egy smaragdot keresnek, amelynek ereje civilizációkat képes elpusztítani. Sonic összeáll saját segítőjével, Tailsszel, és együtt vágnak neki a világkörüli útnak, hogy megtalálják a smaragdot, mielőtt rossz kezekbe kerülne...

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, a sündisznó véletlenül hihetetlen erő birtokosa lesz, ami ő maga sem ért teljesen. A saját védelme érdekében a Földön rejtőzik el, és egyetlen szabályt kell betartania: nem szabad, hogy a világ tudomást szerezzen a létezéséről. Ám ez nem könnyű feladat egy 15 évesnek, főleg ha az a 15 éves Sonic képességeivel és habitusával van megáldva. Így aztán nem kell hozzá sok, hogy felfedezze őt Tom, a szarkasztikus, ám áldott jó szívű kisvárosi zsaru. Ők ketten összeállnak, és egy hihetetlenül akciódús kalandba keverednek, miközben átszelik a fél világot úgy, hogy üldözi őket a mániákus Dr. Robotnyik és robotszerkentyűi...

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.