לאחר שסוניק התמקם בגרין הילס, הוא צמא להוכיח שיש לו את מה שדרוש בשביל להיות גיבור אמיתי. המבחן שלו מגיע כאשר ד"ר רובוטניק חוזר, הפעם עם שותף חדש בשם נאקלס, בחיפוש אחר אבן איזמרגד שבכוחה להשמיד עולמות. סוניק חובר אל שותף משלו, טיילז, ויחד הם יוצאים למסע חובק עולם לאיתור האזמרגד לפני שהוא נופל לידיים הלא נכונות.
לאחר שהוענק לו כוח מדהים שלא לגמרי מובן לו, סוניק נשלח למחבוא בכדור הארץ וניתן לו חוק אחד: בשום אופן אל תיתן לעולם לדעת שאתה קיים. אך זו לא משימה פשוטה עבור נער בן 15 – במיוחד עם גישה ויכולות כשל סוניק. במהרה הוא מתגלה ע"י טום – שוטר סרקסטי מעיירה קטנה ועם לב גדול. יחד הם יוצאים להרפתקה מדהימה ועמוסה באקשן, כשבעקבותיהם ד"ר רובוטניק המטורף ויצירותיו המכאניות.
Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.
Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.