Después de establecerse en Green Hills, Sonic está ansioso por demostrar que tiene lo que se necesita para ser un verdadero héroe. Su prueba llega cuando el Dr. Robotnik regresa, esta vez con un nuevo compañero, Knuckles, en busca de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones. Sonic se une a su propio compañero, Tails, y juntos se embarcan en un viaje por el mundo para encontrar la esmeralda antes de que caiga en las manos equivocadas.

Tom Wachowski, el sheriff de la ciudad de Green Hills, viajará a San Francisco para ayudar a Sonic, un erizo azul antropomórfico que corre a velocidades supersónicas, en su batalla contra el maligno Dr. Robotnik y sus aliados.

Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.

Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.