Después de establecerse en Green Hills, Sonic se muere por demostrar que tiene madera de auténtico héroe, pero Robotnik regresa con nuevo compañero Knuckles, en busca de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones, pero Sonic no está solo, le ayudará Tails.
Sonic, el descarado erizo azul basado en la famosa serie de videojuegos de Sega, vivirá aventuras y desventuras cuando conoce a su amigo humano y policía, Tom Wachowski. Sonic y Tom unirán sus fuerzas para tratar de detener los planes del malvado Dr. Robotnik, que intenta atrapar a Sonic con el fin de emplear sus inmensos poderes para dominar el mundo.
Heroes Sonic, Tails, and Knuckles must face a mysterious new adversary, Shadow the Hedgehog, as Dr. Robotnik reemerges after his defeat with a new plan.
Sonic, Tails, and Knuckles encounter an abandoned Badnik drone which upgraded itself using parts from a junkyard, with the intention of conquering the world.