היישר אחרי ירח הדבש שלהם, שרק והנסיכה פיונה מגיעים לארוחת ערב אצל הוריה של פיונה. הבעיות מתחילות בכך שלהורים אין מושג שבתם היא מפלצת ירקרקה כעת, וממשיכות עם הבטחה שנתן אביה של פיונה לחתן את בתו עם נסיך אחר. כעת הוא שוכר חתול במגפים המתמחה בחיסול מפלצות ירקרקות בכדי להוציא את שרק מהתמונה.
עולם האגדות של שרק חוזר סוף סוף לקולנוע בהרפתקה חדשה על החתול במגפיים: החתול המפורסם בעולם מגלה שמתשע נשמות - נשארה לו רק נשמה אחת ואחרונה. הוא יוצא למסע מצחיק ומטורף בעולם האגדות כדי להשיג את כוכב המשאלות ולהביע רק עוד משאלה אחת ודי.
פארודיה על סיפורי אגדות ועל סרטי "דיסני", המסתמכת על ספרו של וויליאם שטיג. שרק הוא יצור ירקרק גדול, נרגן, רגזן, מתבודד ועקשן, שחי בביצה נידחת. בדידותו המזהרת בביצה מופרת עם בואם המפתיע של גיבורי אגדות, שסולקו מממלכתם על ידי לורד זדוני. שרק נחוש לסלק אותם מביצתו ולהחזיר את השלווה. ולכן הוא חותם עסקה עם הלורד: שרק יצא להושיע את כלתו המיועדת של הלורד, נסיכה הכלואה במצבר, תמורת החזרת גיבורי האגדה לביתם.
לאחר שנלחם בדרקונים, הציל נסיכה יפה ושמר על שלמות הממלכה, מה נשאר לשרק לעשות? לפתע הופך שרק להיות איש משפחה, ובמקום להבהיל אזרחים כפי שהיה נוהג לעשות, כעת הוא מחלק חתימות למעריצים. מה קרה למפלצת הירוקה והאימתנית? שרק, חותם עסקה של ראמפאלסטיסקין אשר הופכת את כל העולם המוקר של שרק לעולם בו ראמפאלסטילסקין שולט, החמור לו מכיר אותו, פיונה היא עוגית בצבא העוגית, והחתול הוא חתול שמן ועצלן ששיך לפיונה. עכשיו לשרק יש יום אחד לנשק את פיונה נשיקת אוהבים כדי לחזור לעצמו ואם לא שרק ישלם את מחיר העסקה עם ראמפרלסטילסקין והפעם לנצח...
המלך הארולד חולה מאוד ולכן אינו מסוגל להמשיך לתפקד כמלך. שרק הוא המועמד הטבעי לתפקיד המלך הבא. רק שמשמעות הדבר היא שיאלץ לוותר על ביצתו האהובה ולהסתגל לחיים בארמון - מחשבה בלתי נסבלת עבור טרול. יחד עם חבריו החתול במגפיים וחמור, שרק מנסה להמליך את ארטי המרדן במקומו לכתר. במקביל, הנסיכה פיונה אוספת את חברותיה כדי להדוף את ההפיכה שהנסיך צ'ארמינג מתכנן.
הרבה לפני שבכלל פגש את שרק, הלוחם הידוע לשמצה, המאהב והעבריין - 'החתול במגפיים' - הופך לגיבור. זה קורה כשהוא יוצא להרפתקה עם החתלתולה הקשוחה והפקחית קיטי 'סופטפוז' והאמפטי דמפטי במטרה להציל את עירו. לאורך הדרך מחכות להן הסתבכויות וקשיים בדמותם של צמד הנבלים, ג'ק וג'יל, שיעשו כל מה שביכולתם כדי להכשיל את החתול וחבריו במשימתם.
חגיגה שרקית הכי מצחיקה שיש! עץ חג המולד אינו הדבר היחידי בקלאסיקה זו לחג. שרק חוזר והוא מנסה להכנס לרוח החג. לאחר שהבטיח לפיונה והילדים חג מולד שלא ישכחו. הוא נאלץ לקחת קורס מזורז אודות מנהגי החג. אבל בדיוק כאשר חשב שהצליח להכין הכל לקראת חג שקט ומוצלח עם משפחתו - החמור, החתול במגפיים, ג'ינג'י ושאר החבורה מחליטים להגיע כדי לעשות שמח. "חג שמח עם שרק" הוא המעשייה שעדיין לא סופרה...עד היום!
בשרק נכנסת רוח ליל כל הקדושים והוא אוסף את חבריו(דונקי,החתול במגפיים וג'ינג'ר) כדי לספר מעשיות מפחידות לרגל המאורע. החבורה מעבירה את הלילה בטירה רדופת הרוחות של לורד פארקווד. לפני שהלילה ייגמר יוכרז על המנצח ויוכתר מלך ליל כל הקדושים.