《生命樹》的故事跟隨著男孩積克的生命展開，我們在鏡頭下目睹他的成長變遷，穿過其無辜天真的童年到迷失混沌的成年時代，在生命的迷宮中重新找回希望、快樂、及無私的愛。宇宙大爆炸，浩瀚宇宙誕生。星體相撞，細胞分裂繁衍，海葵、鰻魚游越大海，鯊魚閃現，海灘上驚現恐龍…… 五十年代戰後美國中西部德州小鎮家庭，十一歲的積克與父母及兩兄弟同住，他似乎擁有一切美好的東西。他的母親無時無刻展露著愛與仁慈，他與母親一樣，用心靈看到生命中璀璨光明的一面，但父親(畢彼特 飾)則告訴他現實是個適者生存的殘酷世界。雙親對兒子的教導及期望存有極大分歧，積克夾在他們之間成為磨心。其後，積克目睹病痛、苦難及死亡，令他眼中原本光明的世界變成混沌的迷宮。他在現代社會中漸漸迷失了自我。積克不斷尋覓出路，最後發現答案就在於無私的愛和寬恕。