魔術師＜マスター＞と英霊＜サーヴァント＞ が願望機「聖杯」をめぐり戦う「聖杯戦争」。 10年ぶりに冬木市で始まった戦争は「聖杯戦争」の御三家と言われた間桐家の当主・間桐臓硯の参戦により、歪み、捻じれ、拗れる。臓硯はサーヴァントとして真アサシンを召喚。正体不明の影が町を蠢き、次々とマスターとサーヴァントが倒れていった。マスターとして戦いに加わっていた衛宮士郎もまた傷つき、サーヴァントのセイバーを失ってしまう。だが、士郎は間桐 桜を守るため、戦いから降りようとしなかった。そんな士郎の身を案じる桜だが、彼女もまた、魔術師の宿命に捕らわれていく。

ヒロインのひとりである間桐桜を通じて「聖杯戦争」の真実に迫るシナリオ「Heaven's Feel」ルートを3部作で描く「劇場版 Fate/stay night Heaven's Feel」の第1部。どんな願いでもかなえる願望機“聖杯”を巡って魔術師（マスター）と英霊（サーヴァント）が戦った“聖杯戦争”から10年が経ったが、冬木市で再び戦争が始まる。

「俺は、桜にとっての正義の味方になるって決めたから」 少年は、真実からもう目を逸らさない。少女を救うために。自分の選んだ正義を貫くために。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が万能の願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。その戦いは歪んでいた。 ひとりの少女――間桐 桜は犯した罪と共に、昏い闇に溺れてしまった。桜を守ると誓った少年・衛宮士郎は遠坂 凛と共闘し、「聖杯戦争」を終わらせるため、過酷な戦いに身を投じる。 イリヤスフィール・フォン・アインツベルンは闘争の真実を知る者として、その運命と向き合い、間桐臓硯は桜を利用して己が悲願を叶えようとする。 「だから──歯をくいしばれ、桜」激しい風に抗い、運命に挑む少年の願いは、少女に届くのか。終局を迎える「聖杯戦争」──。最後の戦いが、遂に幕を上げる。

日本のとある地方都市「冬木市」に数十年に一度現れるとされる、持ち主のあらゆる願いを叶える「聖杯」。7人の魔術師（"マスター"）は7騎の使い魔（"サーヴァント"）と契約し、聖杯を巡る抗争「聖杯戦争」に臨む。聖杯を手にできるのはただ一組、ゆえに彼らは最後の一組となるまで互いに殺し合う。魔術を習うもその才能を見いだせず、半人前の魔術師として生きていた主人公・衛宮士郎。彼は偶然にもサーヴァントの1人・セイバーと契約したことから、「聖杯戦争」に巻き込まれてゆく。

西暦2015年。魔術がまだ成立していた最後の時代。人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、人類の決定的な絶滅を防ぐために成立された特務機関。人類史を何より強く存続させる尊命の下に集められた多くの研究者たちの成果によって、人類史は100年先までの安全を保証されていた。だが、何の前触れもなくカルデアで観測を継続していた未来領域が消失。人類は2017年で絶滅する事が判明されてしまった。 その原因と思われるのは西暦2004年の日本の地方都市・冬木。ここに、今まではなかった「観測できない領域」が現れたのである。カルデアはこれを人類絶滅の原因と仮定し、特異点の調査・解明、あるいは破壊を目的とした任務“聖杯探索”グランドオーダーを発令する。