La storia si svolge in un futuro prossimo, in un luogo chiamato Paradise City. Grazie alla Leo Corporation, guidata da Declan Akaba, il nuovo sistema della Solid Vision, il sistema olografico che dà vita al gioco di carte dei Duel Monsters, rende reali i mostri e gli ambienti, permettendo ai giocatori di interagire direttamente con loro.

Questa nuova tecnologia ha dato vita agli "Action Duels", in cui i duellanti possono attraversare vari ambienti per individuare delle speciali carte magie e trappole chiamate "Carte Action". La storia segue Yuya Sakaki, uno studente al secondo anno di scuola media nonché uno studente della scuola di duelli "You Show Duel School" di Paradise City fondata da suo padre, il quale scomparve tre anni prima nel momento in cui doveva sostenere un duello importante.

In un mondo in cui essere supereroi è la normalità, nascere senza particolari poteri equivale a una vera e propria disgrazia. Izuku Midoriya dovrà mettercela tutta per ottenere un superpotere e, nonostante l’impresa sembra impossibile, qualcuno finirà per notare le sue capacità.

La vita dei ninja sta per cambiare. Boruto Uzumaki, figlio di Naruto Uzumaki, il Settimo Hokage, si è iscritto all'Accademia Ninja per impararne tutti i segreti. Tra un mistero e l'altro, la storia di Boruto ha inizio!