ＧＢＡ（ゲームボーイアドバンス）で発売されたゲームがアニメ化！

現在よりも、少し先の未来。人々は、高度に電子化された社会に暮らしていた。全ての人が「ＰＥＴ」と呼ばれる携帯端末を持ち、そこに組み込まれた疑似人格型プログラム「ネットナビ」によって、日常生活のほとんどをネットワーク上で補っていた。

その一方、ネット犯罪は増加し、その中でもネット犯罪集団・ＷＷＷ（ワールドスリー）がバラまくウイルスは、人々の生活を脅かし続けていたのだ。

ある日、光熱斗（ひかりねっと）のもとに父親から届いた、１枚のＣＤーＲＯＭ。その中にはロックマンというネットナビがプログラムされていた。

最初こそロックマンに戸惑う熱斗だったが、パートナーとしてともに成長していくことになる。

ロックマンに秘められた力、熱斗の天性のウイルスバスティング能力。そして２人のかたく結ばれた友情が、ネットに潜んだ闇を暴いていく！

２２０X年―科学技術が飛躍的に発達した電波世界が確立した時代。

現実世界では、電波ウイルスによる障害が多発している。

宇宙ステーションの事故で父を失ったショックから立ち直れない

主人公・星河スバルは、ある時FM星から来た宇宙人、ウォーロックと遭遇。

そして、スバルとウォーロックは融合し、ロックマンへと変身する―

Mega Man is a robot created by a brilliant scientist named Dr. Light, who hoped many his many creations would only be used for good. One day however, a mad scientist named Dr. Wily stole Light's original 6 robots and creation plans. From them he began creating a whole new series of robots, with one goal... World Domination! But Dr. Light gave Mega Man the ultimate trump card when he built him. Mega Man possesses the ability to absorb the powers of other robots. Now Mega Man and his best friend, a robotic dog named Rush fight for everlasting peace against the evil Dr. Wily!

Japan is in grave danger! Megaman must prevent Dr. Wily from destroying Japan as we know it. But how?

With a little knowledge of Japanese culture and geography, Megaman and his pals will try to stay one step ahead of the mad scientist. But will they be able to defeat Dr. Wily in time to save children's day? Or to avert the worst typhoon in history? Or to keep Mt. Fuji from erupting again?

Aki Light may seem like a regular, robot schoolboy, but when the villainous Sgt. Night and his team of Robot Masters emerge with ill-intentions, Aki transforms into Mega Man and dedicates himself to protecting Silicon City.