Во 2035 година, осуденикот Џејмс Кол неволно волонтира да биде вратен назад во времето за да го открие потеклото на смртоносниот вирус кој го збришал скоро целото население на Земјата и ги принудил преживеаните во подземни заедници. Но, кога Кол по грешка е испратен во 1990 година наместо во 1996 година, тој е уапсен и затворен во душевна болница. Таму се среќава со психијатарот д-р Кетрин Рејли и пациентот Џефри Гоинс, син на познат експерт за вируси, кој можеби го држи клучот за мистериозната непријателска група, Армијата на 12 мајмуни, за која се смета дека е одговорна за ослободување на болеста убијци.