James Cole is 'n gevangene van die toekoms wat na die verlede reis om die oorsprong van 'n virus wat die mensdom verwoes het, uit te vind. In sy soektog ontmoet hy 'n psigiater, Kathryn Railly, en 'n kranklike, Jeffrey Goines, wat moontlik verband hou met die raaiselagtige "Twaalf Aap-leër", die vermeende oorsaak van die pandemie. Cole moet die gevare van 'n onbekende wêreld en die raaisels van sy eie brein trotseer terwyl hy probeer om die toekoms te red voordat dit te laat is.