In 2012, after the events of Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, the early adulthood DigiDestined—Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari, and Ken—must reconcile their new responsibilities with their Digimon partners. But Rui Owada, a mysterious young man, appears, claiming to be the first human to partner with a Digimon–Ukkomon. Could Rui really have been the first-ever DigiDestined?
距離太一與亞古獸進入數碼世界的冒險已經過了十多年，成為大學生的太一及亞古獸各自步上了屬於自己的道路。某天，在專門研究研究數碼寶貝的專家梅諾雅(暫譯)的告知下，太一等人得知了當被選上的孩子們逐漸長大成人之際，過去伴隨著他們冒險的數碼寶貝們，也將隨著時間消逝，而戰鬥則可能會加速與他們別離的時間...…就在此時，全世界被選上的孩子們周遭發生了異變，而太一等人也陷入了苦惱之中……如果要與最重要的人分開，你還會繼續戰鬥嗎？《數碼寶貝》系列 20 週年的紀念作品，太一與亞古獸最終的物語，就此展開。
在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後、並且與貝利亞吸血魔獸戰鬥結束的3年後。2005年，17歲的八神太一已成為高中生。在御台場突然出現了「感染數碼獸」古加獸，以其為契機，太一一行人，與各自的搭檔數碼獸重逢。同時，在他們就讀的月島綜合高中里，新的「被選召的孩子們」，望月芽心轉學而來。太一一行人在御台場搜尋感染數碼獸的途中，與尋找緬因貓獸的芽心相遇。在與扭曲時空中出現的阿爾法獸爭奪緬因貓獸的過程中，太一與大和合力以奧米加獸擊退了阿爾法獸。此後，望月芽心與緬因貓獸成為大家的夥伴。
因3年前被奧米加獸擊敗，如今超惡魔獸的反擊了。2003年3月25日，它將大量水母獸通過手機簡訊發送到現實世界，同時將太一、大和出糗的私密照片傳播到網際網路上。新的被選召的孩子們開始投入進無休止的回收水母獸的行動中，然而行動並未成功，大量的水母獸聚集到了東京灣，並且形成了一隻巨大的數碼蛋，從數碼蛋裡孵化出滅世魔獸。因為大輔和小賢不在旁邊，V仔獸和蟲蟲獸無法進化，此時的他們正要從澀谷趕往東京灣。為了不讓那隻滅世魔獸破壞城市，太一與大和讓亞古獸和加布獸合體成奧米加獸，但是奧米加獸卻不是這只滅世魔獸的對手。 在奧米加獸極力拖延時間的時候，大輔、小賢趕到了，他們讓V仔獸和蟲蟲獸合步進化成帝皇龍甲獸，卻依舊被打得慘敗。在所有人都灰心失望的時候，阿空出現在太一與大和面前，對他們說:「不要放棄。」奧米加獸將所有的力量轉移給帝皇龍甲獸，退化成亞古獸和加布獸，讓帝皇龍甲獸變成聖騎士形態，成功將滅世魔獸危機解決。
在月島綜合高校文化祭當天，會場出現神秘男子，企圖把緬因貓獸帶到空間扭曲的彼方。碰巧相遇的巴魯獸、哥瑪獸、獅子獸進入扭曲救助，卻被謎之男子召喚的帝皇龍甲獸阻止。為了救出緬因貓獸，巴魯獸、哥瑪獸實現了究極進化。然而，緬因貓獸被救出後突發異變，眨眼間就消滅了獅子獸，獨自消失在空間扭曲深處。此時，姬川真希道出真相，感染數碼獸和空間扭曲的源頭就是緬因貓獸。
在因「重啟」而被重新啟動的數碼世界，被選召的孩子們和搭檔數碼獸們重逢。然而，緬因貓獸仍保存有以往的記憶，為尋找芽心卻消失了。在尋找緬因貓獸的過程中，出現了一名身份不明的男子。男子揭露「重啟」是世界樹的意志，孩子們則被機械邪龍獸和鋼鐵海龍獸攻擊。產生共鳴的孩子們與數碼獸搭檔再次究極進化，擊退了機械邪龍獸。然而，芽心被不明男子襲擊，緬因貓獸因此產生恐懼，再次異變。
2000年春假，在第一次冒險結束後的某一天，網際網路上出現了一個神秘的數碼蛋，數碼蛋孵出一隻神秘數碼獸（水母獸）之後便開始不斷吞食數據並迅速進化成（指爪獸），造成電腦網路世界的混亂。光子郎跑到太一家告知其事情，而太一也馬上聯絡各同伴，但此時此刻，美美在夏威夷，阿空在生太一的氣，阿丈在準備初中入學考試，小光則去同學的生日會，阿岳與大和遠在島根縣。這隻大量吃食數據資訊的數碼獸隨後進化成成長期的（哈哈獸），此時的亞古獸和甲蟲獸也進化至成熟期並出面迎戰，沒料到牠馬上超進化成完全體（地獄使者獸），成熟期的暴龍獸與比多獸不成對手，敗陣下來。然而阿岳與大和幾經波折終於找到可以上網的電腦以後與光子郎和太一會合，而亞古獸和加布獸也進行究極進化迎戰以成究極體的（迪亞波羅獸），正當形勢看好之時太一的電腦發生故障令戰鬥暴龍獸無法移動，鋼鐵加魯魯獸獨力難支落敗，隨後迪亞波羅獸入侵美國五角大廈電腦系統並朝向東京放出一枚攜帶核彈頭的LGM-118A維和者飛彈，設定十分鐘爆炸時限後不斷自我複製（只有真身攜有時鐘），已經遍體鱗傷的戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸雖打算再次苦撐應戰，但在面對複製超過一萬六千隻的迪亞波羅獸的全力攻擊下依然毫無還擊之力，在戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸已經奄奄一息的情況下，太一與大和化成電腦數據進入電腦世界，與自己的拍擋共同戰鬥，戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯獸合體成為奧米加獸，趕及在時限前把迪亞波羅獸全部的複製體和真身消滅，並成功阻止了核彈的爆炸。
When a powerful new Internet Digimon hatches and begins to consume data at an alarming rate, the Digidestined - kids chosen to save the digital world - must put an end to the destruction before the damage becomes irreversible and worldwide communication halts forever. As computer-based missiles are launched, and a wayward Digimon kidnaps the Digidestined, only the combined efforts of a worldwide network of kids and a new group of "Digidestined" can rescue the others and stop global disaster.
留姬的生日到了，她的朋友們正在準備她的生日派對。可是現實世界突然出現神秘的列車，眾馴獸師們紛紛發現這一情況而趕去阻止。啟人和基爾獸首先趕到，原來那輛列車竟然是機車獸。健良和小春發現上空出現數碼區域（DIGITAL ZONE），而數碼區域附近的鐵路系統也受到了影響。此時山木室長出現在鐵路管理中心來處理這一事件。然而正當留姬打算去阻止大機車獸時，又被寄生獸抓住。啟人衝上前去，與基爾獸進化成紅蓮騎士獸，救回留姬並打倒了寄生蟲獸。然而寄生蟲獸卻在臨死前向數碼區域發射了一道光，使無數的寄生蟲獸出現。千鈞一髮時刻，啟人的決心使紅蓮騎士獸開啟真紅蓮形態，一擊將所有的寄生蟲獸全部消滅。而大機車獸也變回正常，從數碼區域回到數碼世界，隨後數碼區域也消失了。
美國的小朋友華勒斯（又譯華力斯、華萊士、沃利斯）擁有了雙胞胎數碼獸，大耳獸（軟糖獸）和黑大耳獸（巧克力獸），但其中一隻卻莫名其妙地消失了。若干年之後華勒斯長大了，此時正是2002年暑假，小光和阿岳來到美國旅行，碰上了那隻失蹤的數碼獸。他們聯繫了大輔，大輔趕來的時候，碰上了華勒斯，6人決定一起面對那隻數碼獸，卻不敵其究極體的實力。最終小光和阿岳的數碼獸進化為究極體，為大輔的數碼獸製作了代表奇蹟的數碼裝甲，並為華勒斯的數碼獸製作了代表命運的數碼裝甲，使V仔獸和軟糖獸裝甲進化，打倒了巧克力獸。
1995年春假發生的事件。描繪了被選召的孩子首次接觸數碼獸的日子，以及「為什麼是他們被選召」，作為TV動畫版的序幕。另外，本次事件後在TV動畫版中一般被稱為「光丘炸彈恐怖事件」。以此次事件為契機，太一他們成為了被選召的孩子們。太一、小光之外被選召的孩子們和太一、小光的父母雖然也登場了，但與TV動畫版的聲優不同。在本作中徹底不讓大人們露臉保持不存在感，描繪出一個「大人所無法認知的只有孩子的世界」。
緬因貓獸突然發生變異來到了現實世界，被世界樹所操控的數碼獸也陸續登場。在世界崩壞危機之中，孩子們被強制返回到現實世界。在藏身於暑假的校園中，尋求拯救現實世界和數碼世界的方法的時候，他們被捲入了世界樹和恆常性雙方的對立之中。緬因貓被以敵意相向，再次變換形態。為了拯救由於暴走而飽受折磨的緬因貓獸，芽心最終得出了一個答案：「請殺掉小緬」。正當太一感受到芽心的痛苦，並決定執行她的決定的時候，他被捲入到了傑斯獸的攻擊中，被崩壞的大地所吞噬。悲傷和絕望將小光推向黑暗之中，迪路獸黑暗進化為神聖天女獸墮落形態。並且被緬因貓獸所吸收成為秩序獸，漸漸以黑暗包圍現實世界。
在網路世界中，奧米加獸與啟示錄獸死後邪惡的化身梅菲斯獸交手。奧米加獸指出梅菲斯獸意欲危害全世界，要置其於死地，卻不慎被它逃到現實世界。現實世界裡，啟人暑假為了代替父母掃墓來到沖繩，與表兄弟浦添海救下了一個被數碼獸追趕的少女上原美波。這些數碼獸，似乎想要搶奪少女所帶的手提電腦。備受歡迎的電子寵物V-Pet背後，到底隱藏著什麼陰謀？為保護美波而誕生的石獅獸，究竟有何不同尋常之處？現實世界出現了一群邪惡的數碼獸襲擊人類的電腦系統，使全世界陷入一片恐慌之中，啟人遇到了危險，留姬和健良也分別遭遇邪惡數碼獸的攻擊。原來這一切都是梅菲斯獸搞的鬼，它試圖通過破壞電腦中的疫苗程式來毀滅現實世界，以建立它的新世界。後來石獅獸犧牲了自己，古樂獸發出進化光芒，古拉獸、九尾狐獸、加魯哥獸進化為完全體，使用三位一體攻擊打敗了梅菲斯獸，數碼病毒也隨之消失了。
引起異變的緬因貓獸在空間的扭曲中消失之後，泉光子郎拼命地尋找著應對感染數碼獸的對策。然而，高石岳卻發現自己的數碼獸搭檔巴達獸被感染的徵兆。期望安定之人——恆常性藉由八神光的身體，宣告了「重啟」這一解決數碼世界與現實世界危機的手段。然而，這伴隨著一個巨大的犧牲，即數碼獸將失去記憶。隨後，暴走的緬因貓獸出現在御台場。數碼獸們雖然團結一致全力以赴，然而感染卻進一步蔓延。唯一有幸未被感染的甲蟲獸與光子郎告別，進化為力神比多獸。力神比多獸將其他的夥伴以及緬因貓獸推回扭曲中的那一瞬間，數碼世界由於「重啟」被重新啟動，人類世界回歸日常。被選召的孩子們陷入失意的低谷，卻又決定去與數碼獸再次相見。他們藉助姬川的協助前往了數碼世界，擺在他們眼前的則是失去記憶回歸幼年期的搭檔數碼獸們。
影片以阿古蒙、高蒙和拉拉蒙為中心展開，他們的伙伴與城市的其他居民一起，被遍布整個城市的神秘荊棘藤蔓置於神奇的睡眠中。當數碼獸穿過寂靜的城市時，他們偶然發現了一群由食人魔獸帶領的哥布林獸，正在攻擊一名年輕女孩。他們嚇跑了妖精，女孩，節奏，透露她實際上是一個數碼獸，然後解釋說這些荊棘是一個名叫阿爾戈獸的數碼獸的作品。四人組出發在摩天大樓的巢穴頂上對抗惡棍。
秩序獸的出現使得恆常性方認為執行重啟計劃是解決現有危機的最佳方式。不過，藉助小光的身體，在意識的引導下，迪路獸表示全部的希望在緬因貓獸之中，因為緬因貓獸仍然存有大家的數據記憶。隨著解決危機的緬因貓獸的記憶被打開，代表恆常性的傑斯獸停止了「重啟」，而孩子們也做好了幹掉秩序獸的決心。此時芽心的神聖計劃發光並使得奧米加獸進化為奧米加獸慈悲模式，最終打敗了秩序獸，而緬因貓獸消失了。
拓也和輝二等5人被衝到了一個名"迷惘之島"的地方，在那裡人型數碼獸和獸型數碼獸是完全對立的關係，人型的數碼獸幫助了拓也、友樹和純平，而獸型的數碼獸則協助輝二和泉，拓也和輝二竟就此打起上來，後來因其它數碼獸哭了起來而停止。人型的劍道獸，與獸型的小熊獸是好朋友，他們說起了古代的數碼獸，認為如果他們仍然存在的話，必定可解救這個島。兩種型態的數碼獸再次戰爭，拓也進化成炎龍獸，而輝二則進化成野狼獸，制止戰鬥。後來純平與小泉他們竟發現人型的領袖與獸型的領袖竟是同一隻數碼獸毛莫獸分別變身而成的兩隻數碼獸，而它更令古代數碼獸（奧尼斯獸）復活，意圖統治數碼世界，就在眾人絕望之時，劍道獸和小熊獸向刻有古代暴龍獸和古代加魯魯獸壁畫的遺蹟祈禱，古代暴龍獸與古代加魯魯獸竟然復活了！並且幫助拓也等人打敗了奧尼斯獸，制止了這次危機。至此，迷惘之島的人型數碼獸與獸型數碼獸的戰鬥就此劃下了句號。迷惘之島也變得不再迷惘了。
Agumon, Gaomon and Lalamon decide to go to the Digital World and wind up in an area resembling a theme park full of many other Digimon, including Calumon who decides to follow them.