人名すら番号で管理されている25世紀。人々は広大な地下都市内で支給される精神安定剤を服用しながら、感情も娯楽も規制された単調な日常を送らされていた。そんなある日、女性ルームメイトのLUH-3417と恋に落ちた主人公のTHX-1138は精神安定剤の服用を止め、タブーとされる肉体関係まで結んだことから、反体制分子として当局に逮捕される。

第三次世界大戦後に出現した都市国家・リブリア。そこは、テトラグラマトン党の党首ファーザーが君臨し、二度と戦争が起らぬよう感情を持つことが禁じられていた。ジョン・プレストンは、同僚のパートリッジが、違反者だったことを知り射殺するが、その一件から彼の心は揺らぎ始める。そんな中、新たな同僚ブラントとともに仕事に出ることになり逮捕した違反者メアリー・オブライエンの尋問中、逆に動揺させられてしまう。

Nick and Janine live in bliss until her ex warps time to try to tear them apart by using Nick's old girlfriend. As Nick's memories and reality disappear, he must decide what he's willing to sacrifice to save -- or let go of -- everything he loves.