New York. Ash Lynx est un garçon d’une beauté exceptionnelle, ultra-fort au combat. A 17 ans, il est déjà chef de bande. Une nuit, un homme abattu par son subordonné lui transmet le mot "Banana Fish" et une adresse. C’est un mot que Griffin, le frère aîné d’Ash, infirme, a souvent mentionné. Au même moment, Ash rencontre d’Eiji Okumura, un garçon japonais venu en tant qu’assistant photographe.

Rokujo Miharu est un garçon comme les autres, mais il a en lui une technique secrète très puissante appelée « Shinrabanshō » convoitée par de dangereux ninjas.

Kouichi Aizawa crée un club de ninjas dont le professeur Kumohira est responsable, tous deux sont des ninjas qui cherchent à protéger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils le forcent à faire partie de leur club de ninja pour qu'il apprenne à se défendre afin qu'il devienne le seigneur de Nabari, le monde des ninjas.

En apparence, Fukuoka semble être une ville paisible, mais elle est rongée par le crime. Elle est devenue le champ d’action des tueurs à gages, mais une rumeur laisse entendre que l’un d’entre eux élimine ces professionnels du meurtre. Personnes en quête de vengeance, informateurs, spécialistes de la torture… les membres d’une agence de détectives croisent toutes sortes de personnes peu recommandables, mais ce fameux tueur d’assassins existe-t-il vraiment ?