3度の飯よりケンカが好きな少年・大門大。ある日、ケンカに明け暮れていた大の前に、恐竜のような姿をした奇妙な生物が現れる。その奇妙な生物「アグモン」は異世界「デジタルワールド」からやってきた「デジタルモンスター」だった。

大とアグモンはケンカを通じて意気投合する。ところが、アグモンはデジモン事件の捜査組織「DATS（ダット）」から追われているはぐれデジモンだった。大からアグモンを取り戻そうとするDATS。

追われる大とアグモンの前に、成熟期デジモン・コカトリモンが現れる。その巨大な姿に闘争心を書きたてられた大は、コカトリモンに戦いを挑む。コカトリモンに一撃を加えた大の拳に「デジソウル」が宿る。大のデジソウルを受け取ったアグモンはジオグレイモンに進化し、コカトリモンを倒すのだった。その様子を見たDATSの司令官・薩摩は大とアグモンをDATSに正式にスカウトする。

かくして、ケンカ番長・大門大はアグモンを率いて人間界を脅かすデジモンの脅威に立ち向かうことになるのだった。