Einige Jahre sind vergangen, seit der Krieg Verwüstung angerichtet und Narben in den Herzen der Menschen hinterlassen hat. Auch die ehemalige Soldatin Violet Evergarden trägt noch schwer an ihren Erinnerungen. Während in der Gesellschaft neue technologische Entwicklungen Einzug halten, findet Violet Arbeit bei einem Postunternehmen. Ihre Anstellung als "Autonome Korrespondenz-Assistentin" hilft ihr, die traumatischen Erlebnisse der Vergangenheit zu verarbeiten und sie hofft, die wahre Bedeutung der Liebe zu ergründen. Doch innerlich verspürt sie noch immer eine Lücke in ihrem Herzen. Als unerwartet ein Brief auftaucht, schöpft sie wieder Hoffnung …
Eine traumatisierte ehemalige Kindersoldatin wird in dieser Zusammenfassung der bewegenden und bildgewaltigen, preisgekrönten Animeserie zur Briefschreiberin.
Sakuta und seine Freundin Mai bereiten sich auf das Ende ihrer Oberschulzeit vor. Doch ein unheimliches Aufeinandertreffen mit einem Mädchen, das an Mais Vergangenheit erinnert, wirft beunruhigende Fragen auf. Währenddessen führt ein langerwartetes Wiedersehen mit Sakuta und Kaedes entfremdeter Mutter zu unerwarteten Enthüllungen und physischen Ausprägungen – den Beginn des „Pubertäts-Syndroms“.
Ihr neuester Auftrag führt die schweigsame Akora Violet Evergarden in ein piekfeines Mädcheninternat: Hier sollen die jungen Mädchen der hochrangigsten Stammbäume zu feinen Damen mit entsprechender Etikette ausgebildet werden, bevor sie mit ihrer Hochzeit den Weg in den Adelsstand antreten. Auch das ehemalige Straßenmädchen Amy ist Teil der jungen Elite, doch diese ist mit den strengen Verhaltensregeln des Hauses genau so wenig einverstanden wie mit ihrer vorbestimmten Zukunft als Braut eines reichen Schnösels – nicht gerade förderlich für Violets Vorhaben, dem Wildfang das Betragen einer Lady beizubringen. Doch obwohl das kaltschnäuzige Mädchen zunächst alles andere als angetan von ihrer neuen Lehrerin ist, gelingt es Violet, nach und nach in ihr junges Herz vorzudringen und die Schatten der Vergangenheit allmählich verschwinden zu lassen …
Rikka Takanashi geht mittlerweile ins dritte Jahr der Oberschule, leidet aber nach wie vor am sogenannten „Achtklässler Syndrom“. Zwar steht das Lernen für die Aufnahmeprüfungen der Universitäten an, doch während der Frühlingsferien sind Rikka und ihre Freunde trotzdem zusammen. Eines Tages verkündet Rikkas ältere Schwester Touka jedoch, dass sie ihre Schwester mit nach Italien nehmen wird, weil sie der Meinung ist, eine Familie sollte zusammen bleiben. Yuuta, der Toukas Absichten nachvollziehen kann, möchte allerdings nicht von Rikka getrennt werden. Daraufhin schlagen ihre Freunde vor, dass die beiden gemeinsam durchbrennen sollten und so beginnt eine Flucht durch ganz Japan …
Ein neuer Gralkrieg beginnt, diesmal jedoch nicht in Japan sondern in den USA. In einer Stadt namens Snow Field, in der sich nun Magier aus aller Welt einfinden, die darauf hoffen, an diesem epischen Kampf um den Heiligen Gral teilnehmen zu können. Doch dieser falsche Gralkrieg scheint nicht nach exakt denselben Regeln zu verlaufen wie die bisherigen ...
Während eines Territorialkampfes zwischen den Legionen Nega Nebulus und Great Wall fallen die Social Cameras aus und beide Seiten werden aus der beschleunigten Welt gesogen. Haruyuki und seine Freunde machen sich auf, um die Ursache des Problems herauszufinden und die Social Cameras wieder zum Laufen zu bringen.
Es ist ein normal verlaufender Tag für Touma und die laufende Bibliothek Index. Index entdeckt Neuartiges, wie den Weltraumaufzug Endymion, und lernt neue Leute kennen. Dabei handelt es sich dieses Mal um die junge Musikerin Arisa. Bald wird klar, dass dieses scheinbar normale Level 0 Mädchen über eine ganz besondere Gabe verfügt, die das Machtverhältnis zwischen Magiern und Espern aus dem Gleichgewicht bringen könnte. Die beiden Seiten könnten in einen Krieg verfallen und nur Touma und Index können diesen abwenden...
Der zweite Teil, Mirai-hen (Die Zukunft), knüpft ein Jahr nach der Handlung an und beinhaltet eine völlig neue Geschichte.
Der erste Teil, Kako-hen (Die Vergangenheit), erzählt die Ereignisse der TV-Serie aus der Sicht von der letzten Blutbändigerin, Mirai Kuriyama.
Ichirou "Menzu" Satou hat gerade die High School begonnen. Als er eines Tages ein Schulbuch in der Schule vergisst und sich mitten in der Nacht noch einmal ins Gebäude schleicht, trifft er dort auf ein wunderschönes Mädchen, das sich selbst als Hexe aus einer Parallelwelt bezeichnet. Ichirou sind derartige Größenphantasie nicht unbekannt, litt er doch selbst schon darunter, doch hatte er sich eigentlich geschworen sie hinter sich zu lassen und sich selbst neu zu erfinden, als er auf die High School wechselte.
