La presse se fait écho de la réapparition d'une page manquante du journal de John Wilkes Booth, l'assassin d'Abraham Lincoln. Cette page contient des informations qui associent l'arrière-arrière-grand-père de Benjamin Gates à cet assassinat lui donnant même un rôle clé. Ben entame alors une quête pour disculper son aïeul. Elle l'emmène à Paris, à Londres et de retour aux États-Unis pour chercher le Livre des Secrets Présidentiels, un mystérieux livre qui contiendrait tous les secrets de notre monde transmis depuis la Guerre de Sécession à chacun des présidents américains, ainsi qu'une carte du trésor de Cibola, la cité de l'or des précolombiens.

Perdu depuis plus de 200 ans, le trésor des Chevaliers du Temple fait partie de ces mythiques légendes. Ben Gates, archéologue et aventurier, se lance à la recherche de ce trésor qui a hanté les pensées de sa famille et de ses descendants depuis des générations. Mais il n'est pas le seul intéressé. Gates et son meilleur ami Riley Poole, expert en informatique, partent en exploration sur le continent Arctique et découvrent que le premier indice menant au trésor est caché dans le document le mieux gardé au monde, la Déclaration d'Indépendance. Dans une course contre le temps, ils doivent voler le document si précieux, décoder la carte cachée, semer le FBI, et éviter d'être tués par Ian Howe, un riche aventurier anglais. Et ce n'est que la première étape de cette chasse au trésor.