서기 2000년, 남극에 거대한 운석이 추락하며 미증유의 재난 세컨드 임팩트가 일어난다. 해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족분쟁, 내란 등으로 세계 인구는 반으로 격감된다. 2015년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른 위기가 닥쳐온다. 하나씩 모습을 드러내는 정체 불명의 거대 전투병기 군단 사도. 사도의 출현에 대항하기 위하여 인류는 E계획에 의해 탄생한 생체 전투병기 에반게리온을 개발하고 3대의 기체로 사도를 막아내려 하는데...

The series is a parody of Neon Genesis Evangelion, in which the entire cast of the original series are now everyday students going to junior high school together at Tokyo-3. The series features three Rei sisters: one is a child younger than the rest based on Rei 1, the second is based on Rei 2 (the Rei seen for most of the normal series), and the third Rei is actually based on the hyperactive and klutzy Alternate Rei (seen in the alternate-reality dream sequence from the final episode of the original series). Further, Evangelion Unit 01 itself is one of their classmates, but this time as a human-sized robot who acts as something of a class bully. Even the Jet Alone robot is re-imagined as a character on the series.