XXII secolo. In seguito a una rivolta delle macchine la razza umana è stata quasi annientata e ridotta in schiavitù. Il pianeta è quindi comandato da potenti intelligenze artificiali, a cui gli unici a opporsi sono uno sparuto gruppo di dissidenti umani. Il capitano Jonathan Power e il suo gruppo di uomini, chiamati "i combattenti del futuro", infatti tentano di opporsi alla dominazione delle macchine per cambiare le sorti dell'umanità.

Anno 2040 (28 anni dopo gli eventi narrati in The Super Dimension Fortress Macross) su un pianeta di tipo terrestre, chiamato Eden. Gli esseri umani e gli zentradi hanno iniziato a colonizzare la galassia e questa espansione ha portato allo sviluppo di tecnologie sempre più sofisticate. L'intelligenza artificiale di cui possono disporre i computer è ormai quasi in grado di sviluppare l'autocoscienza, e proprio grazie a queste innovazioni, è stata creata Sharon Apple, cantante "virtuale" di grande successo. Sharon Apple è perfetta, l'unica cosa che le manca è una propria personalità, che prende in prestito da colei che le presta anche la voce, Myung Fang Lone.

Il concerto di debutto di Sharon si tiene sul pianeta Eden (una delle colonie terrestri), dove nello stesso momento, i piloti e collaudatori di caccia Isamu Dyson e Guld Bowman si stanno sfidando per dimostrare la propria superiorità e quella del proprio mezzo (i Valkyrie YF-19 e YF-21) . In realtà un tempo, Isamu, Guld e Myung erano grandi amici, ma in seguito ad un incidente avvenuto sette anni prima, le strade dei tre giovani si separarono inesorabilmente. Quando Isamu e Guld vengono a sapere che Myung è tornata, fra i due si riaccende fortissima la rivalità, dato che entrambi erano innamorati della ragazza.

Quando una AI instabile ed in fase di sperimentazione viene installata in Sharon Apple, che a questo punto può fare a meno di Myung, la situazione precipita e la cantante cerca di prendere possesso dei sistemi della prima nave Macross.