When a tragedy befalls their fellow students on graduation day, three pupils of the Hayate Way's Ninja Academy must take on the Jakanja — a clan of evil space warriors. But they can't do it alone. Can they find the help they need? And can the young warriors act swiftly enough to defeat the Jakanja before they destroy the known universe?

Kuronekotei — một quán cà phê nằm ở quận năm của thủ đô. Những cô gái làm việc ở đây là những búp bê cơ khí tự động, còn được gọi là automata. Ban đầu họ được tạo ra để làm vũ khí cho cuộc đại chiến đã kết thúc vài năm trước. Giờ đây, họ đang tìm kiếm những vai trò mới trong một thế giới hòa bình.