Jednej búrlivej noci vyloví talianska rybárska loď z mora muža, skôr mŕtveho než živého. V chrbte má guľky a pod kožou štítok s číslom bankového konta v švajčiarskej banke. Viac nič. Keď sa mu konečne vráti vedomie, nič o sebe svojim záchrancom nedokáže povedať. Trpí úplnou stratou pamäte. Postupne zisťuje, že ovláda bojové umenia, dohovorí sa v niekoľkých jazykoch a že si poradí s každou zbraňou. To signalizuje veľmi nebezpečnú minulosť. Ale kto a prečo ho chcel zabiť, si vybaviť nedokáže. V zürišskej depozitnej schránke, kam sa vydá akonáhle loď pristane, nájde hneď niekoľko cestovných dokladov, závratne vysokú hotovosť, automatickú pištoľ a meno Jason Bourne s parížskou adresou. Aj keď o sebe stále nič nevie, čoskoro pochopí, že ľudia, ktorí ho poznajú, usilujú o jeho život. A tak Márii, prvému dievčaťu, ktorú stretne, ponúkne 10.000 dolárov za cestu do Paríža. Až tu, s pomocou Márie, ktorej život prevrátil hore nohami, začína skladať prvé kamienky do mozaiky svojej minulosti.
Jason Bourne, bývalý elitný agent CIA, si postupne skladá čriepky svojho života a postupne odhaľuje, že jeho minulosť skrýva rad temných miest. Teraz už konečne stojí na prahu riešenia vlastnej životnej hádanky – bol zabijakom v službách mocnej skupiny vnútri tajných služieb. Z Moskvy prechádza celou Európou až do marockého Tangeru a napokon do New Yorku. Jason sa opäť musí brániť pred vlastnými ľuďmi, ktorí ho chcú za každú cenu zabiť. V ich čele tentoraz stojí Noah Vosen, výkonný riaditeľ programu Blackbriar, poskytujúceho utajenej zložke CIA rozsiahle nelegálne právomoci. Vosen so svojím tímom je prostredníctvom najmodernejšej techniky unikajúcemu Bourneovi ustavične v pätách a likviduje všetkých „nepohodlných" ľudí v jeho okolí. Bývalý špión má však spojencov vnútri organizácie – pomáhajú mu operátorka Nicky Parsonsová a agentka Pamela Landyová. Bourne nakoniec zistí svoje pravé meno a pochopí, ako ho zmanipulovali.
Bourne a Mária naďalej žijú v anonymite. Bournea naháňajú nočné mory a spomienky. Vláči Máriu z mesta do mesta. Snaží sa byť vždy aspoň krok pred hrozbou, ktorú tuší v každom pohľade aj v každom telefónnom "omyle", pred nebezpečenstvom, ktoré očakáva v každej sekunde. Ale ohrozenie ho do sveta, z ktorého chcel uniknúť, neustále vracia. Keď sa v pokojnej dedine, ktorá je ich dočasným domovom, objaví tajný agent, Bourne s Máriou miesto narýchlo opúšťajú. Začne nová globálna hra na mačku a myš a Jason Bourne sa musí vrátiť k svojej minulosti, aj keď tajná operácia Treadstone, ktorá vytvárala profesionálnych zabijakov, už skončila. Pred rokmi Bourneovi povedali, že nesmie s nikým nadviazať kontakt. Minulosť sa prihlásila sama. Mali ho nechať na pokoji.