Un uomo gravemente ferito viene raccolto in mare. Una volta ristabilitosi scopre di aver perso totalmente la memoria ma non le proprie abilità, dal parlare varie lingue all'usare con disinvoltura armi e arti marziali. Il recupero di una cassetta di sicurezza presso una banca di Zurigo non fa che aggiungere confusione, visto che contiene sei passaporti diversi. Tra tutte l'identità più probabile sembrerebbe quella di Jason Bourne, americano residente a Parigi. Giocoforza recarvisi, convincendo una ragazza a dargli un passaggio in cambio di 10.000 dollari. Ma qualcuno della Cia sa benissimo chi è lo smemorato, e preferirebbe decisamente vederlo morto...
Due anni fa sperava di essersi lasciato alle spalle quel passato che non poteva ricordare, ma che lo perseguitava con misteriose immagini di morte e violenza. Il destino però torna a bussare alla porta di Jason Bourne, killer professionista senza più memoria, quando viene accusato (ingiustamente?) di aver ucciso il premier cinese.