A thriller set two hundred years in the future following the case of a missing young woman who brings a hardened detective and a rogue ship's captain together in a race across the solar system to expose the greatest conspiracy in human history.

Follow the crew of the not-so-functional exploratory ship in the Earth's interstellar fleet, 400 years in the future.

遥かな未来。

人々は地中に穴を掘って家を造り家畜を飼い、時折起きる地震と落盤に怯えながら何百年も息を潜めるように暮らしてきた。

そんな村の一つ・ジーハ。

村を広げるための穴掘りをしていた少年・シモンは、ある日、掘り進んだ先で偶然、不思議に光る小さなドリルを見つける。そして、シモンの兄貴分である青年・カミナ。彼は、村の上には「地上」があることを信じ、グレン団というチンピラグループを率いて天井を突き破って外へ出ようと目論んでいた。そんなある日、地震と共に村の天井が崩れ巨大なロボットが落ちてくる!

カミナは確信する「やっぱり地上はあった!」そして、無謀にも村で暴れるロボットに立ち向かおうとする。その時、更に地上から何かがやって来た。それは、巨大なライフルを持った少女・ヨーコだった。彼女は、ロボットを地上から追って来たのだ。しかし、ライフルの威力では、倒すどころか足止めをするのが精一杯。そんなピンチの中、シモンは、以前、地中から掘り出したモノをカミナとヨーコに見せる。

それは、顔だけの謎のロボットだった…。

時は西暦2199年、地球は絶望の淵に立たされていた。外宇宙から襲来した謎の星間国家＜ガミラス＞によって、遊星爆弾の無差別攻撃を受けていたのだ。人類は地下都市を築き抵抗を続けたが、遊星爆弾の死の影はその地下都市にも迫っていた。科学者によると、人類が滅亡するまでの猶予はおよそ一年…。国連宇宙軍の若き士官「古代 進」と「島 大介」は、火星に不時着した宇宙船から謎のカプセルを回収し地球へと帰還する。地球に帰還した古代と島を待っていたのは、人類最後の希望を託すべく進められていた＜ヤマト計画＞であった。それは、大マゼラン銀河の彼方にある未知の星イスカンダルから技術提供を受け、人類初の恒星間飛行を可能とする宇宙戦艦を建造し、ガミラスの攻撃によって汚染された地球を浄化再生させるシステムを受け取りに行くという計画だった。しかし、人類に残された猶予はあと一年しかない。ヤマトは果たして人類を救うことができるのか。

All across the universe, the Jark Matter empire has conquered everything they see. Meanwhile, the insurgent force called "Rebellion" is established and gathers nine ultimate saviors from across the galaxy who are chosen by the Kyu Globes, magical spheres with the power of the constellations.

対話不能の異生物・奇居子に破壊された太陽系。かろうじて生き残った人類の一部は、小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道が、祖父の死を期に街へ出る。長道は人型巨大装甲・衛人の操縦士訓練学校に入学することになり、そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。長道が初めて異性と意識する少女、星白閑。長道の初めての友人となった男でも女でもない人間、科戸瀬イザナ。長道の活躍に苛立ちを覚える少年、岐神海苔夫。様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。

2199年、地球は謎の異星人国家・ガミラス帝国の侵略を受けていた。遊星爆弾による無差別攻撃により地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で、人類滅亡まであと1年と迫っていた。

地球から14万8000光年離れた大マゼラン星雲にあるイスカンダル星から、「放射能除去装置 コスモクリーナーを受け取りに来るように」とのメッセージと、外宇宙航海に必要なワープを可能とする波動エンジンの設計図を受けとる。地球は、九州の坊ノ岬沖で250年も前の世界大戦中に沈んだ日本海軍の戦艦「大和」を隠れ蓑に似せて建造した宇宙船にこの波動エンジンを搭載し、コスモクリーナーの受領のための宇宙戦艦「ヤマト」として完成させる。

イスカンダル星に向け、1年という限られた猶予の中、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて往復29万6千光年の旅に発つ。

U.C.0001―。宇宙移民の開始が宣言され、新たな時代が始まろうとしていた。そんな折、改暦セレモニーが行われていた地球連邦政府首相官邸、宇宙ステーション“ラプラス”が爆破テロにより粉々に砕け散る。貧困からテロに加わった青年サイアムは、“ラプラス”の爆発に巻き込まれ、残骸の中である物を発見する。それは後に『ラプラスの箱』と呼ばれることになる禁忌の箱だった。『ラプラスの箱』を開けてはならない。それが何であるのか、知る者はほとんどいない。『箱』の秘密は、サイアムの元で眠り続けた―。U.C.0096―。ラグランジュ・ポイント1に浮かぶ、建設中の工業コロニー“インダストリアル7”。父を知らずに育った少年バナージ・リンクスと、“インダストリアル7”行きの船に密航した謎の少女が出会い、そして、稼動試験を繰り返す白いモビルスーツ“ユニコーン”と様々な思惑が絡み出した時、歴史（とき）の針が動き出した。『ラプラスの箱』を巡る争いに巻き込まれることを、バナージはまだ知らない。『ラプラスの箱』とは何か―。『箱』の抱く秘密とは何か―。今、宇宙世紀 百年の呪いが解かれようとしていた。