Un commando de la Marine américaine débarque à bord de la station de forage sous-marine DeepCore afin de porter secours à un sous-marin échoué dans les profondeurs. Alors que les travaux de récupération commencent autour du submersible naufragé, l'équipage de DeepCore doit faire face à des phénomènes inexpliqués.
En 1868, un monstre mystérieux s'acharne sur les bateaux naviguant dans l'océan Pacifique. Alarmé par ce phénomène, le gouvernement américain arme une frégate. Ned, un fabuleux harponneur, Aronnax, un homme de science et son assistant partent à la recherche du supposé monstre marin...
Un millionnaire se retrouve seul sur un bateau à la derive en compagnie de la dame de ses rêves.
A 5000 miles des cotes Australiennes, un bateau est éperonné par un objet mystérieux qui ressemble à une baleine.Une expédition, avec à son bord Ned Land le plus grand chasseur de baleines, est à son tour coulée.Les survivants sont recueillis à bord du mystérieux engin, le Nautilus...... Guidée par le capitaine Nemo commence la plus étrange et la plus instructive des croisière sous-marine!