1592년 4월, 조선은 임진왜란 발발 후 단 15일 만에 왜군에 한양을 빼앗기며 절체절명의 위기에 놓인다. 조선을 단숨에 점령한 왜군은 명나라로 향하는 야망을 꿈꾸며 대규모 병역을 부산포로 집결시킨다. 한편, 이순신 장군은 연이은 전쟁의 패배와 선조마저 의주로 파천하며 수세에 몰린 상황에서도 조선을 구하기 위해 전술을 고민하며 출전을 준비한다. 하지만 앞선 전투에서 손상을 입은 거북선의 출정이 어려워지고, 거북선의 도면마저 왜군의 첩보에 의해 도난당하게 되는데…

1597년 임진왜란 6년, 오랜 전쟁으로 인해 혼란이 극에 달한 조선. 무서운 속도로 한양으로 북상하는 왜군에 의해 국가존망의 위기에 처하자 누명을 쓰고 파면당했던 이순신 장군이 삼도수군통제사로 재임명된다. 하지만 그에게 남은 건 전의를 상실한 병사와 두려움에 가득 찬 백성, 그리고 12척의 배 뿐. 마지막 희망이었던 거북선마저 불타고 잔혹한 성격과 뛰어난 지략을 지닌 용병 구루지마가 왜군 수장으로 나서자 조선은 더욱 술렁인다. 330척에 달하는 왜군의 배가 속속 집결하고 모두가 패배를 직감하는 순간, 이순신 장군은 단 12척의 배를 이끌고 바다를 향해 나서는데...

임진왜란 발발로부터 7년이 지난 1598년 12월. 이순신은 왜군의 수장이던 도요토미 히데요시가 갑작스럽게 사망한 뒤 왜군들이 조선에서 황급히 퇴각하려 한다는 것을 알게 된다. 왜군을 완벽하게 섬멸하는 것이 이 전쟁을 올바르게 끝나는 것이라 생각한 이순신은 명나라와 조명연합함대를 꾸려 왜군의 퇴각로를 막고 적들을 섬멸하기로 결심한다. 하지만 왜군의 뇌물 공세에 넘어간 명나라 도독 진린은 왜군에게 퇴로를 열어주려 하고, 설상가상으로 왜군 수장인 시마즈의 살마군까지 왜군의 퇴각을 돕기 위해 노량으로 향하는데…

남북한 공동으로 극비리에 개발한 핵무기 비격진천뢰가 미국측에 양도되기로 결정된다. 이에 불만을 품은 북한장교 강민길은 핵물리학자 김수연을 납치, 비격진천뢰를 연구소에서 빼내 탈출을 시도한다. 그때, 433년 만에 지구를 지나는 엄청난 혜성이 한반도 상공을 통과하는데... 강민길 일행과 그를 추적하던 남한장교 박정우 일행은 압록강에서 대치중, 갑작스런 회오리 돌풍과 함께 흔적도 없이 사라진다.

명량해전에 대한 도발적인 질문의 해답을 찾기 위해 김한민 감독과 명량의 주역들이 국내 최초 다큐 영화에 도전한다. 명량해전이 있기 직전 16일간 이순신 장군의 실제 행적을 쫓아가며 긴박했던 수군 재건 과정과 더불어 이순신 장군이 가졌던 인간적인 고민과 리더로서의 고뇌를 통해, 우리가 몰랐던 이순신의 진짜 이야기를 낱낱이 파헤친다.

7년 간의 임진왜란 기간 중 한산대첩부터 부산포해전까지 2개월 간 펼쳐진 이순신 장군과 거북선, 그리고 그 배에 탑승한 승조원들의 이야기

전라 좌수사 이순신은 왜적의 침입을 예상해 장비를 정비하고 거북선을 건조하는 등 임전태세를 기해오던 중, 임진년 6월 왜란을 당하여 해전에서 큰 공을 세우지만 한때 모함을 받고 옥살이를 하기도 한다. 그러나 변할 줄 모르는 이순신의 구국일념은 출옥 후 백의종군의 길을 선택하고 다시 전라수사를 제수 받는다. 그리하여 노량진앞바다에서 왜적들을 몰아내던 중 11월 18일 적탄을 가슴에 맞고 장렬하게 전사한다.

임진왜란으로 나라의 운명이 풍전등화가 되었을 때 세계에서 처음으로 철갑선인 거북선을 만들어 왜적을 무찌른 이순신 장군은 옳지 못한 자들의 모함으로 형벌을 받고서도 나라에 대한 걱정을 하여 의연히 백의종군을 하였으며 부하에게는 엄격하면서도 자유로워 백성들 이 믿고 따르던 장군이었다. 이러한 이순신 장군의 일대기를 난중일기를 바탕으로 그려냈다.

전라좌수사 이순신은 왜침을 대비해서 거북선 제작에 열중하는데, 임진년 4월 13일 부산진,동래,양산,울진이 함락되자 출전하여 목포대전과 한산대전에서 승리를 거둔다. 임진년 다음해 공의 나이 49세가 되던 해 삼도 수군통제사가 되어 진을 한산도로 옮기고 군비확장에 혼신의 힘을 기울이나 당파분쟁과 원균의 모략으로 투옥된다. 정유년 7월 5일 왜적이 재침하자 백의종군으로 석방된 공은 동 9월 12척의 전선을 이끌고 대승리를 거두며, 임진란을 일으킨 도요도미 히데 요시가 죽자 공은 노량해전에서 최후의 일전을 벌인다.