Les grands paresseux Scooby-Doo et Sammy doivent mettre le "chi" dans "munchie" pour éclaircir le grand mystère des arts martiaux ! L'équipe de Mystère & Cie parcourt le monde, traverse les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre toute une série d'énigmes ancestrales. Ils doivent aller vite, plus vite que le dangereux Samouraï Noir entouré de ses soldats fantômes pour trouver le Sabre du Destin, une épée magique qui apporte d'incroyables pouvoirs. Au cours de leur périple, Scooby-Doo et Sammy sont embrigadés par un maître d'armes qui leur apprend le Bushido, le code des principes moraux des Samouraïs. Leur enseignement est vite mis à l'épreuve face à une armée de Robots Ninjas incontrôlable. Puis finalement, nos héros découvrent que le Bushido n'est pas seulement un moyen de gagner le respect, l'honneur et le courage, mais qu'il détient aussi la clé du mystère…

Huit épées de légendes, connues pour leurs prouesses au combat durant l’Histoire du Japon, se transforment en huit beaux garçons, prêts à donner leur vie pour défendre leur pays. Le dirigeant Nobunaga Oda, censé être mort en 1582 lors de l’incident de Honno-ji, se trouve être toujours en vie… Les huit lames personnifiées remontent alors le temps pour réparer cette erreur et assassiner Nobunaga Oda.

In the year 995, due to a secret talk between Michinaga Fujiwara (Akira Emoto) and Seimei Abe (Terunosuke Takezai), Yorimitsu Minamoto (Kanji Tsuda) is ordered to subjugate ghost Shutendoji, who lives in Oe Mountain. Yorimitsu Minamoto and his men soon encounter difficulties in carrying out their mission due to the appearance of strangers. These strangers are handsome warriors Munechika Mikazuki (Hiroki Suzuki), Kunihiro Yamanbagiri (Yoshihiko Aramaki), Hasebe Heshikiri (Masanari Wada), and Toushirou Honebami (Fuma Sadamoto) and they are trying to protect history.