高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……

　　以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！

因为双亲前往海外出差，只剩下鸣上悠一个人留在日本，于是暂住在舅父家。在他转校的八十神高中，有一个深夜电视的传言：“在雨夜的12点，看着没有开着的电视上自己的脸，就会浮现另一个人的映像”。鸣上和同伴在确认深夜电视传言的时候被拉进了异空间，他们随即发现深夜电视跟镇上的连续杀人事件有莫大关系，在那里搜查时被称为暗影的怪物袭击。鸣上一行人跟怪物接触而觉醒了Persona能力，他们认为警察并不会相信这么离奇的事，便决定独自解决这起连续杀人事件。

故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。

而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。