Vor langer Zeit tobte ein Krieg zwischen den Gebieten „Kantô“ und „Kansai“, der Japan entzweite. Am Ende dieses Kriegs wurde Kansai jedoch ein Vasall von Kantô. Allerdings nahm die Zahl an Politikern und Polizisten in Kansai in der Folge ab, was die Kriminalität befeuerte. Die Kriminellen werden „Akudama“ genannt.

Shangri-La ist angesiedelt in der Mitte des 21. Jahrhunderts, als die globale Erwärmung Tokyo in eine tropische Stadt verwandelt hat. Um die Temperatur im Herzen der Stadt um 5°C zu senken, wird die Stadt zu größeren Teilen bewaldet. Das führt trotz des begrenzten Platzangebotes zu einem Zustrom von Klimaflüchtlingen und ruft gleichzeitig Anti-Regierungs-Guerillas auf den Plan, die die Aufforstung verhindern wollen.

Der Überlebenskampf einer Familie im dystopischen Madrid der Zukunft enthüllt den Abgrund zwischen zwei Welten, die nicht nur durch einen Zaun voneinander getrennt sind.

In einer Welt, wo der kalte Krieg nie beendet wurde, kämpfen der Osten und Westen um die technologische und politische Vorherrschaft. Mylene Hoffman (009-1), die ein Mitglied der Abteilung 009 ist und dem Westen angehört, kämpft mit ihren Kolleginnen gegen den Osten. Es gehen Gerüchte um, dass ein Wissenschaftler im Osten eine Bombe geschaffen haben soll, die einen Supergau auslösen könnte. Um diese Katastrophe zu verhindern, setzen die weiblichen Mitglieder von 009 ihre Cyborgkörper ein, der sie in vielen brenzligen Situationen rettet.