《遊戲王－怪獸之決鬥》共分為七篇：決鬥者王國篇（1—51集）、戰鬥城市前篇（52—97集）、乃亞篇（98—121集）、戰鬥城市後篇（122—144集）、杜馬篇（145—184集）、海馬集團大賽篇（185—198集）、王之記憶篇（199—224集）。以漫畫原有故事為基礎，自單行本第七集後開始改編，因為沒有了前六集的故事，所以細節上和漫畫有所出入，中途因動畫追上原作進度，故加插動畫原創情節和人物，補足漫畫連載量不足期間的缺空。