蒂姆·古德曼（贾斯提斯·史密斯饰）为寻找下落不明的父亲来到莱姆市，意外与父亲的前宝可梦搭档大侦探皮卡丘（瑞安·雷诺兹 配音）相遇，并惊讶地发现自己是唯一能听懂皮卡丘说话的人类，他们决定组队踏上揭开真相的刺激冒险之路。探案过程中他们邂逅了各式各样的宝可梦，并意外发现了一个足以毁灭整个宝可梦宇宙的惊天阴谋。

宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外.....

小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其来的暴风雨，却让大伙陷入困境，宝可梦们要如何度过呢？

這個城市裡，究竟住著什麼樣的寶可夢呢？ 在大都會正中央的一個屋上庭園。不經意地，朝旁邊的大樓望去，就看到了可愛的皮丘兄弟。可是喜歡惡作劇的弟弟皮丘對著皮卡丘作了個鬼面，並且，就那樣從樓上掉落下去了。「糟糕了！」皮卡丘趕緊要飛奔過去。可是，稍微注意一下就發現了皮卡丘所站的地方，是一個有著柱子的地方。向下方看去，就可以發現這是個好高好高的大樓。一不小心掉下去的話可就糟糕了。在那兒，有一群要將皮卡丘弄掉下去的黑烏鴉。啊！皮卡丘竟然掉下去了！！

这回可爱的皮丘兄弟又再度现身啰！它们从回家的交通工具掉了下来，并且掉入森林，和皮卡丘们又再次重逢。在森林中，它们还认识到各种不同的宝可梦，当然一路上也充满重重危机…皮卡丘它们能够化险为夷吗？

在海边有一栋大宅邸，宝可梦们就在那里玩起了“捉迷藏”。决定好由皮卡丘当鬼后，大家都躲好了吗？这时候，幼基拉斯因为自己一个人很无聊，踢飞了一颗大石头。可是石头却击中了割草机，让割草机动了起来。割草机就追著皮卡丘们大暴走！真是不妙了！

皮卡丘、阿查莫、基莫里、米苏戈罗和哈斯博五只在森林里玩耍的人偶然发现了火箭团的秘密基地。 秘密基地是火箭队的三名成员为迎接老板而建造的。

穆萨希和科吉罗出去接老板后，尼亚斯用他发明的"怪物舞会"来激活它。 这个怪物舞会是任何神奇宝贝开始跳舞，只要他们播放音乐。 尼亚斯抓住了三只生活在森林里的戈尼奥诺，作为支持舞蹈的乐队。

与此同时，皮卡丘等人进入秘密基地，在那里发现了被俘的戈尼奥诺人。 即使我们获救，他们也会被尼奥斯人发现。

然后，怪物舞蹈球被激活。 附近的神奇宝贝开始跳舞。 多戈姆和伦帕帕会发生什么？

与此同时，皮卡丘等人进入秘密基地，在那里发现了被俘的戈尼奥诺人。 即使我们获救，他们也会被尼奥斯人发现。

然后，怪物舞蹈球被激活。 附近的神奇宝贝开始跳舞。 多戈姆和伦帕帕会发生什么？