Príbeh začína záhadným zmiznutím špičkového detektíva Harryho Goodmana. Táto udalosť prinúti jeho syna Tima pátrať po tom, čo sa stalo. Pri odhaľovaní záhady mu asistuje detektív Pikachu, otcov parťák, rozkošný a vtipný supersliedič. Novovzniknutá dvojica je ako stvorená na spoluprácu, keďže Tim je jediným človekom, ktorý rozumie reči svojho pokémonského partnera, zatiaľ čo ostatní počujú len známe „pika – pika“. Ak chcú spoločne prísť záhade na kĺb, čaká ich obrovské dobrodružstvo v neónom ožiarených uliciach veľkomesta Ryme City. Ľudia a pokémoni tam žijú bok po boku bez toho, aby tušili, že ich spolunažívanie bude čeliť nevídanej hrozbe.
Pikachu a gang sa počas letnej dovolenky na ostrove Pokémon Island učia zodpovednosti, tímovej práci a spolupráci.
Ash, Misty a Tracey sa rozhodli zobrať všetkých svojich Pokémonov a vyraziť niekam. Počas spánku Togepi spadne zo strmého kopca a zmizne v diere. Za Togepi sa vyberú Pikachu, Bulbasaur, Squirtle, Marill, Venonat a Psyduck. Skončia na obrovskom strome, kde sa zdá, že v ňom predtým žil Pikachu.
Pikachu sa stretáva s bratmi a vydáva sa s nimi na dobrodružstvo mestom, pričom sa pokúša dostať späť do budovy, kde je zvyšok Ashových Pokémonov.
Bratia Pichuovci, ktorí idú domov na vrchu vlaku, sa zrazu ocitnú vo vzduchu! Cestou z vlaku narazili na Wynauta a všetci traja idú do lesa. Keď začne pršať, skupina sa uchýli vo vodného mlynu - ale vodný mlyn sa začne hýbať! Nasledujúce ráno sa celá skupina rozhodne spolupracovať, aby bratia Pichuovci stihli vlak. Podarí sa im dostať sa do bezpečia domova?
V obrovskej plážovej sídle sa Pikachu a niektorí z jeho kamarátov rozhodli hrať schovávačku. Pikachu sa preto vydáva hľadať svojich priateľov. Medzitým Larvitar, chorý z toho, že je úplne sám, v hneve kopne do skaly. Skala sa rúti vzduchom - a zasiahne kosačku, zapne ju a odošle ju po Pikachuovi a jeho priateľoch! Ako sa im podarí uniknúť kosačke?
Meowth má na starosti tajnú základňu Rakeťákov, tajuplné miesto plné zvláštnych pomôcok a vynálezov. V snahe zapôsobiť na šéfa chce Meowth použiť Dancing PokéBaton - zariadenie, ktoré používateľom umožňuje ovládať Pokémonov, ako sa im zachce - na vytvorenie predstavenia. Medzitým Pikachu a jeho priatelia skončia s hraním v lese a narazia na základňu. Čo sa tak stane so vzácnou tajnou základňou Meowtha?