現代忍者的雇主，是政治家、大企業的幹部們。持有強大權力的人當中，有著一些將忍者當作滿足自己欲望的道具的人存在。為了對抗這些在黑暗中的「惡忍」，政府開始執行了某個計劃―「善忍」―也就是養成屬於國家的忍者的秘密計劃。

　　為了養成「善忍」而成立的機構，「內閣特務諜報部一課付特殊機密諜報員養成所」，通稱、忍學科。在擁有一千名學生的名門升學學校「國立半藏學院」中，不為人知的內面。這個故事就是為了與邪惡戰鬥的『善忍』們，奉獻自己的青春，正在「國立半藏學院」忍學科中就讀的五名少女，她們愛與勇氣的軌跡。