107年前（743年），世界上突然出現了以捕食人類為唯一行為的「巨人」。巨人力量強大且有再生能力，人類無法與之抗衡，面臨滅種之災。面臨著生存危機而殘存下來的人類逃到了一個地方，蓋起了三重巨大的城牆包圍此地，令牆外巨人無法入侵。人們在這隔絕的環境裡享受了一百多年的和平。直到主角艾連·葉卡十歲那年，60公尺高的「超大型巨人」突然出現，以壓倒性的力量破壞最外圍的「瑪利亞之牆」(Wall Maria)，其後瞬間消失；牆外的巨人們在破壞的城牆缺口成群的衝進牆內捕食人類，人類只好退到第二重城牆之內。

艾連在親眼看著人們以及自己的母親被巨人吞食後，僥倖逃入第二重城牆「羅塞之牆」(Wall Rose)內。懷著對巨人無法形容的憎恨，艾連誓言一匹不留殺死所有巨人。瑪利亞城牆崩壞的兩年後，艾連加入104期訓練兵團學習和巨人戰鬥的技術。在訓練兵團的三年，艾連在同期訓練兵裡有著其他人無法比擬的強悍精神力。就在訓練兵團結訓之前，超大型巨人再次出現並衝毀羅塞之牆，艾連隨訓練兵團一同與巨人作戰……