一项由中国主导的国际科研项目，正在马里亚纳海沟深处进行时，遭遇未知生物攻击，科研人员被困海底。前美国海军陆战队深海潜水专家乔纳斯·泰勒受命前往营救，再度遭遇数年前曾经在深海给自己留下终身难以磨灭记忆的史前生物巨齿鲨。乔纳斯联手科研项目中的中国女科学家张苏茵成功营救了被困人员，但营救行动却意外造成了巨齿鲨逃离深海。当史前巨兽重返浅海，人类将为自己对大自然的贪婪付出惨重的代价..

一群菁英科学家在设备精良的海底研究中心，进行创世纪的医学研究，没想到他们却改变了自然生态，让一群恶鲨的聪明敏捷。这些隐藏在平静海面下的杀手，正蓄势待发，以报复人类为乐趣…。 　　生化制药厂的老板法兰克林（山缪杰克森 饰），是海底研究中心的赞助金主。他提供庞大资金让苏珊麦博士（莎佛朗布洛丝 饰）研究抗老年疑呆症的神奇药丸。麦博士与他的研究小组在孤立海中的海底研究中心，以最古老的生物－鲨 鱼 为实验对象，取其脑中蛋白质，注入人类坏死脑神经细胞，以完成伟大的医学成就。但法兰克林因为投资失利，预备终结研究中心的经费赞助，这对于成功在望的麦博士而言不啻是一个重大打击。在努力说服之下，法兰克林只好要求尽速看到成果，并且前来研究室目睹他们的成就。这时候暴风雨也正在缓缓的向海底研究中心逼近…… 　　为达目的，麦博士早已加大鲨鱼的脑容量，以萃取更多脑蛋白，但同时鲨鱼也逐渐变的聪明，并且越来越强壮。但这不为人知的改变只有麦博士和鲨鱼朝夕相处的潜水夫卡特（汤玛斯杰恩 饰）察觉。 　　虽然卡特曾向苏珊麦提出警语，但苏珊麦为使得实验正常进行，置之不理。终于，在最后一次的成功实验中，向人类展开致命的报复，救援的直升机在风雨中赶到，却也不幸被聪明的巨鲨袭击，一场不可避免的大灾难于是展开……

On a volcanic island near the Kingdom of Hetvia rules Count Dakkar, a benevolent leader and scientist who has eliminated class distinction among the island's inhabitants. Dakkar, his sister Sonia and her fiance, engineer Nicolai Roget have designed a submarine which Roget pilots on its initial voyage just before the island is overrun by Baron Falon, despotic ruler of Hetvia. Falon sets out after Roget in a second submarine and the two craft, diving to the ocean's floor, discover a strange land populated by dragons, giant squid and an eerie undiscovered humanoid race.