Nachdem ein Tiefsee-U-Boot von einem ausgestorben geglaubten Riesenhai angegriffen wird, sinkt das Fahrzeug in den tiefsten Graben des Pazifik und liegt dort manövrierunfähig am Meeresgrund. Der Crew an Bord läuft allmählich die Zeit davon und daher engagiert der Meeresforscher Dr. Minway Zhang den erfahrenen Taucher Jonas Taylor. Taylor ist zwar Experte für Bergungen in der Tiefsee, allerdings ist er vor Jahren schon einmal mit dem urzeitlichen Riesenhai, einem mehr als 20 Meter langen Megalodon, aneinandergeraten. Doch gemeinsam mit Dr. Zhangs Tochter Suyin muss er nun seine Ängste überwinden und schwere Geschütze auffahren, um den eingeschlossenen Menschen zur Hilfe eilen zu können und die Weltmeere von der Schreckensherrschaft des Urzeitmonsters zu befreien…

Mitten im Atlantik haben amerikanische Wissenschaftler das Unterwasserlabor “Aquatica” eingerichtet, wo sie medizinische Experimente mit genmanipulierten Haien durchführen. Doch plötzlich entwickeln die Versuchstiere beunruhigende Eigenschaften: Sie werden immer größer, immer intelligenter und immer boshafter. Als ein gewaltiger Sturm über die künstliche Insel hereinbricht, gelingt es den Haien, sich zu befreien. Für die Wissenschaftler beginnt eine Jagd auf Leben und Tod.

Während es in dem kleinen Land Hetvia immer wieder zu politischen Unruhen kommt, hat sich Graf Dakaar mit der intellektuellen und forschenden Elite auf seine Insel vor der Küste zurückgezogen. Als aufgrund der vulkanischen Aktivitäten dort ein Skelett einer unbekannten Lebensform im Meer gefunden wird, treibt er den Bau der ersten tiefseetüchtigen Unterseeboote voran. Zugleich stürzt sein Freund Baron Falon den bestehenden König und bemüht sich anschließend, der geheimnisvollen Insel habhaft zu werden. Er läßt sie stürmen und versenkt Dakkar mit dem ersten Test-Boot auf den Meeresgrund. Doch Dakaars Tochter Sonia kann ihrer Gefangenschaft entkommen und mit Helfern das zweite Boot stürmen, was jedoch nur dazu führt, dass auch sie samt Falon auf dem Meeresgrund stranden - und dort müssen sie entdecken, dass es die unbekannte Rasse von Meereslebewesen noch gibt, denn sie stehen direkt vor deren Unterwasserstadt...