니아가 키라에게 승리한 후. 즉, 야가미 라이토가 죽은 후. 사신계로 돌아온 류크에게 ST라는 사신이 찾아오면서 이야기가 진행된다.

법관을 꿈꾸는 천재 대학생 야가미 라이토(후지와라 타츠야). 법의 한계를 느끼던 그는 어느 날 우연히 데스노트를 줍게 된다. 이 노트에 이름이 적힌 사람은 죽는다라는 한 문장을 반신반의하며 TV뉴스에 방영된 유괴범의 이름을 적자 실제로 죽음이 이루어진 것. 노트의 힘을 알게 된 라이토는 자기 손으로 범죄자를 처단하고 이상적인 세계를 만들어 가기로 결심한다. 세계 각지의 범죄자들이 의문의 심장마비로 죽어나가자 인터폴에서는 이 사건을 수사하기 위해 한 명의 천재에게 도움을 청한다. 그는 전세계 미궁에 빠진 사건을 해결해 온 수수께끼의 명탐정 L(마츠야마 켄이치). 이제 두 천재의 치열한 두뇌싸움이 시작되는데...

1192년부터 일본을 통치한 세습적 군사 독재자인 쇼군(將軍)의 정부를 가리키는 막부(幕府)는 1862년 마지막 쇼군인 '도쿠가와 요시노'가 집권하면서 큰 혼란에 빠진다. 이유는 서양과의 개국 문제. 결국 천황에게 내정과 군사업무에 관한 권한을 양보할 수 없는 처지에 놓이게 된다. 때는 막부시대 말기. 교토의 한 구석 미부(壬生)에서 탄생된 신선조(新選組)에 (수도의 치안을 담당한 국가경찰조직) 모리오카의 남부 번(藩, 에도시대 다이묘가 다스렸던 영지, 주민, 통치기구의 총칭)출신의 요시무라 칸이치로(나카이 키이치)가 입대한다. 그는 순박한 외모와 달리 여러 사람을 베어 본 듯한 뛰어난 칼 솜씨를 지니고 있다. 신입대원 환영식에서 무사다운 기백보다는 고향 자랑을 늘어놓는 칸이치로에게 역겨움을 느낀 사이토(사토 코이치)는 집으로 돌아가는 길에 칼을 휘두른다. 그러나 "죽을 수 없다!"며 맞서는 칸이치로에게 기세가 꺾인 사이토는 그냥 "솜씨 좀 보고 싶었다"고 둘러대며 훗날을 기약한다

In a race against time, Inspector Kabir of Special Crimes Unit must unravel the connection between a masked criminal captured during a critical operation and a mystifying box that materializes in a secluded village on the city's outskirts.

A poet and a spirit have an ongoing deal: Haiku for life.